เพื่อให้การบริหารทรัพยากรน้ำมีประสิทธิภาพ ในปี 2543 คณะรัฐมนตรีได้กำหนดกรอบ “วิสัยทัศน์น้ำแห่งชาติ” โดยให้ความเห็นชอบ เมื่อวันที่ 25 กรกฎาคม 2543 และจากวิสัยทัศน์น้ำแห่งชาติ ได้นำไปสู่การกำหนด “นโยบายน้ำแห่งชาติ” ซึ่งคณะรัฐมนตรีได้ให้ความความเห็นชอบเมื่อวันที่ 31 ตุลาคม 2543 ภายใต้แนวคิดที่สอดคล้องกับรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 แนวทางการบริหารจัดการน้ำแบบผสมผสานที่มุ่งเน้นการประสาน การพัฒนา และการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำร่วมกับทรัพยากรอื่นที่เกี่ยวข้อง ด้วยการคำนึงถึงผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมเป็นสำคัญ เพื่อนำไปสู่ผลตอบแทนสูงสุดด้านเศรษฐกิจและสังคม

ผลจากการปฏิรูประบบราชการเมื่อปลายปี 2545 ที่ผ่านมา ได้นำไปสู่การจัดตั้ง กรมทรัพยากรน้ำ ในฐานะหน่วยงานภาครัฐที่มีภารกิจหลักด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำอย่างครบวงจร โดยทำหน้าที่เสนอแนะนโยบาย จัดทำแผนแม่บท การศึกษาวิจัย พัฒนาอนุรักษ์ และฟื้นฟูแหล่งน้ำ ตลอดจนการส่งเสริมและสนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชน ในรูปของคณะอนุกรรมการลุ่มน้ำ ให้สอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาล เพื่อส่งเสริมบทบาทของประชาชน ในการมีส่วนร่วมกับการทำงานของภาครัฐ เริ่มจากการคิด การนำเสนอความเห็น การลงมือปฏิบัติ รวมทั้งการติดตามและประเมินผล เพื่อสร้างการยอมรับในแผนงานของโครงการและกิจกรรมของภาครัฐ ที่เข้าไปดำเนินการพัฒนาท้องถิ่นได้อย่างเปี่ยมประสิทธิภาพ และยั่งยืน

ต่อมาหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติได้มีคำสั่งที่ 46/2560  สั่ง ณ วันที่ 25 ตุลาคม 2560 และคำสั่ง ที่ 2/2561 สั่ง ณ วันที่ 22 มกราคม 2561 จัดตั้งสำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติขึ้น เพื่อเป็นหน่วยงานหลักด้านนโยบายในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำของประเทศ โดยตัดโอนภารกิจและอัตรากำลังของกรมทรัพยากรน้ำในด้านงานเสนอแนะนโยบายและแผนทรัพยากรน้ำในภาพรวมของประเทศงานจัดทำแผนปฏิบัติการจัดการทรัพยากรน้ำของประเทศ การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในระดับข้ามลุ่มน้ำ การประสานความร่วมมือกับต่างประเทศและองค์กรระหว่างประเทศด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำด้านการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ รวมทั้งการติดตามประเมินผล และการปฏิบัติหน้าที่ในฐานะเลขานุการคณะกรรมการทรัพยากรน้ำแห่งชาติให้สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ